Инфраструктура Eesti Raudtee включает 61 станцию, три из них являются пограничными: две граничат с Россией (Нарва-Ивангород и Койдула-Печоры) и одна с Латвией (Валга-Валка).

Общая пропускная способность пограничных станций составляет 56 пар поездов в сутки, 38 пар поездов на российском направлении и 18 на латышском направлении. Как на пограничных, так и на промежуточных станциях имеются 1500-метровые станционные пути, что создает благоприятные условия для обслуживания длинных товарных поездов.