Международные перевозки
Отправления поезда Таллинн–Санкт-Петербург–Москва приостановлены с 2020 года!
С 10 июля 2015 г. на линии Таллинн-С.-Петербург-Москва в сотрудничестве с AО «Eesti Raudtee» и AО «GoRail» оперирует АО «ФПК». Поезда ходят ежедневно в обоих направлениях. На эстонской стороне услугу продажи билетов предлагает Go Rail. В России продажу билетов организует ФПК. Точное расписание движения вместе с промежуточными остановками и информацию о продаже билетов можно найти на сайте Go Rail.
Внутренние перевозки
Внутренние пассажирские перевозки на Эстонской железной дороге осуществляет под товарным знаком Elron государственное предприятие Eesti Liinirongid, имеющее в своем распоряжении электрические и дизельные поезда Stadler.
Расписание движения и информацию о билетах можно найти на сайте Elron.