По Эстонской железной дороге товар можно доставлять в семь портов, крупнейшим из которых является принадлежащий Tallinna Sadam порт Мууга. Эстонские порты практически не замерзают, большинство из них имеют потенциал для развития. Самый восточный – порт Силламяэ – расположен всего в 25 км от эстонско-российской границы.